알고리즘을 먼저 세운 후에 코딩을 해야합니다.
조건이 까다로워질 수록 코딩하는 시간보다 생각하는 시간이 길어야합니다.
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ISR (TIMER0_OVF_vect){ 
	int sec=a+b+c;  // sec a+b+c으로 초기화
if else 문을 보면c가 가장 큰 값일테고요
 sec의 초기값은 c를 주면 됩니다.
	//int sec=a+b+c;  // sec a+b+c으로 초기화
	int sec=c;  // sec c로 초기화
또 한가지
로컬변수는 선언할 때마다 실행 됩니다.
매번 인터럽트 함수가 실행 될 때마다 sec=c;가 실행 되는 것이죠
	static int sec=c;  // sec c로 초기화
이렇게 하면 전역변수 초기값을 준 것처럼 동작합니다.
웹검색해서 static 변수를 찾아보세요

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if (sec < a) PORTB=1; 
초기값이 sec=0일 때 LED가 켜지게 되죠
 
sec=c; // 초기값이 0을 주지 않고 c를 주게되면
 else PORTB=0;
else에 해당하므로 OFF 됩니다.
 
버튼을 누르면 
뭘 한다고 했는데 버튼을 체크하는 코드가 없군요?
 
if(버튼 누르면){ count=0; sec=0; }
버튼 체크하는 곳에서 변수 clear 시켜주세요
 
 
// MCU BASIC: https://www.basic4mcu.com
// DateTime : 2020-01-22 오후 5:06:53
// by Ok-Hyun Park
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ISR(TIMER0_OVF_vect){
  static int sec=c; // sec c로 초기화
  //
  if(++count>=1000){ count=0; if(sec<c)sec++; }
  //
  if     (sec<a)PORTB=1;
  else if(sec<b)PORTB=2;
  else if(sec<c)PORTB=4;
  else          PORTB=0;
}