volatile int i=0;
i 변수는 다른용도로 사용하지 않으니 이 변수를 이용해서 쉬프트 하겠습니다. 
 i++; // 메인 무한루프 마지막의 코드 삭제

쉬프트 방법은 여러가지가 있으니 본인이 잘 아는 것으로 만들면 됩니다.

volatile char LED1=1,LED2=1,LED3=1,LED4=1;
LEDx 변수는 인터럽트에서 건드릴 예정이므로 volatile 형으로 변경합니다.
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2초마다 LED를 오른쪽으로 시프트
//----------------------------------------
#include "MPC5604P_M26V.h"
#include "freemaster.h"
#include "init_base.h"
//
void LED_Ctr(void);
void Init_GPIO(void);
void Switch(void);
void init_ADC1(void);
void ADCRead_1(void);
void ADC_LED_Ctr(void);
void init_PIT(void);
void PIT0ISR(void);
void PIT1ISR(void);
//
char SW1,SW2,SW3,SW4;
volatile char LED1=1,LED2=1,LED3=1,LED4=1;
int R_adc=0;
volatile int i=0;
uint32_t Pit0cnt=0,Pit1cnt=0;
//
void LED_Ctr(void){
  SIU.GPDO[52].B.PDO=LED1;
  SIU.GPDO[53].B.PDO=LED2;
  SIU.GPDO[54].B.PDO=LED3;
  SIU.GPDO[55].B.PDO=LED4;
}
//
void ADC_LED_Ctr(void){
  if(R_adc> 250)LED1=0; else LED1=1; 
  if(R_adc> 500)LED2=0; else LED2=1; 
  if(R_adc> 750)LED3=0; else LED3=1; 
  if(R_adc>1000)LED4=0; else LED4=1; 
}
//
void Switch(void){
  SW1=SIU.GPDI[48].B.PDI;
  SW2=SIU.GPDI[49].B.PDI;
  SW3=SIU.GPDI[50].B.PDI;
  SW4=SIU.GPDI[51].B.PDI;
}
//
void init_ADC1(void){
  ADC_1.MCR.B.ABORT=1;       //Abort ADC_1
  ADC_1.MCR.B.OWREN=0;       //disable overwritting
  ADC_1.MCR.B.WLSIDE=0;      //conversion data is written right_aligned
  ADC_1.MCR.B.MODE=0;        //One Shot mode
  ADC_1.MCR.B.CTUEN=0;       //disable CTU triggered
  ADC_1.MCR.B.ADCLKSEL=0;    //Set ADClock 32MHz
  //ADC_1.MCR.B.ADCLKSEL=1;  //Set ADClock 64MHz
  ADC_1.MCR.B.ACK0=0;        //disable auto clock off
  ADC_1.MCR.B.PWDN=0;        //disable power down mode
  ADC_1.CTR[0].R=0x00008208;
  ADC_1.NCMR[0].R=0x00000020;
  ADC_1.CDR[5].R=0x00000000;
  ADC_1.MCR.B.ABORT=0;       //clear ADC_1
  SIU.PCR[64].R=0x2400;      //2000으로 설정해도 가능
}
//
void ADCRead_1(void){
  ADC_1.MCR.B.NSTART=1;
  asm("nop");
  while(ADC_1.MCR.B.NSTART)asm("nop");
  R_adc=ADC_1.CDR[5].B.CDATA;
}
//
void Init_GPIO(void){
  SIU.PCR[52].R=0x0200;  //LED1
  SIU.PCR[53].B.PA=0b00;
  SIU.PCR[53].B.OBE=0b1; //LED2
  SIU.PCR[54].B.PA=0b00;
  SIU.PCR[54].B.OBE=0b1; //LED3
  SIU.PCR[55].R=0b0000001000000000; //LED4
  SIU.PCR[48].R=0x0100;
  SIU.PCR[49].R=0x0100;
  SIU.PCR[50].R=0x0100;
  SIU.PCR[51].R=0x0100; //switch
}
//
void init_PIT(void){
  PIT.PITMCR.R=0x00000001;   //타이머가 멈추고 디버그 모드로 설정
  PIT.CH[0].LDVAL.R=6400000; //64만을 16진수로 표현한 값(주기=100ms)
  PIT.CH[0].TCTRL.R=0x3;     //둘 다 1이여야 하므로
  PIT.CH[1].LDVAL.R=64000000;
  PIT.CH[1].TCTRL.R=0x3;     //예제 문제를 위한 추가 코드
}
//
void PIT0ISR(void){
  Pit0cnt++;
  PIT.CH[0].TFLG.B.TIF=1; //100ms 마다 해야할 일 추가 가능 //clear PIT0 flag
}
//
void PIT1ISR(void){ // 1초
  char c;
  Pit1cnt++;
  if(Pit1cnt>=2){ Pit1cnt=0; // 2초마다
    c=1<<i; // 0~3을 비트로 변경
    LED1=c&1;
    LED2=(c>>1)&1;
    LED3=(c>>2)&1;
    LED4=(c>>3)&1;
    if(++i>3)i=0; // 0~3 카운트 업 
  }
  PIT.CH[1].TFLG.B.TIF=1;
}
//
int main(void){
  initModesAndClock();
  disableWatchdog();
  enableIrq();
  initOutputClock();
  FMSTR_Init();
  init_INTC();
  init_Linflex0();
  Init_GPIO();
  Switch();
  init_ADC1();
  init_PIT();
  INTC_InstallINTCInterruptHandler(PIT0ISR,59,6);
  INTC_InstallINTCInterruptHandler(PIT1ISR,60,6); //59=하드웨어 고유 넘버(이곳에서 인터럭트 발생),6=우선순위
  for(;;){
    FMSTR_Recorder();
    FMSTR_Poll();
    LED_Ctr();
    Switch();
    ADCRead_1();
    //ADC_LED_Ctr();
  }
}

 



    c=1<<i; // 0~3을 비트로 변경
    if(++i>3)i=0; // 0~3 카운트 업 
LED가 어떻게 배치되어 있는지에 따라서 LED 쉬프트 방향이 반대로 될 수가 있습니다.

    c=8>>i; // 0~3을 비트로 변경
    if(++i>3)i=0; // 0~3 카운트 업 
이렇게 변경해도 되고

    c=1<<i; // 0~3을 비트로 변경
    if(--i<0)i=3; // 0~3 카운트 다운
이렇게 변경해도 됩니다.
if문의 조건식에 사용하는 변수는 unsigned 타입이 아닌 signed 타입이어야지 0보다 작은 값이 나올 수 있어서 조건을 만족시킬 수 있습니다.