interrupt[EXT_INT2]void ext_int2_isr(void){ //ELEV Channel
  if(EICRA==0b11110000){ cnt_rising=TCNT1L|(long)TCNT1H<<8; EICRA=0b11100000; }
  else{ cnt_falling=TCNT1L|(long)TCNT1H<<8; cnt_elev=(40000-cnt_rising+cnt_falling)%40000; EICRA=0b11110000; }
}
TCNT1은 16비트 레지스터니
변수나 형변환을 long 타입으로 할 필요는 없겠죠
unsigned int 타입으로 하면 됩니다.
//
    printf("ELEV:%6ld / AILE:%6ld / THRO:%6ld / RUDD:%6ld\n",cnt_elev,cnt_aile,cnt_thro,cnt_rudd);
%6ld 대신 %5u를 사용하면 되겠습니다.

int 연산과 long 연산은 시간 차이가 큽니다.

cnt_elev=(40000-cnt_rising+cnt_falling)%40000;
% 연산은 / 연산과 마찬가지로 정수 연산중에서 시간이 가장 많이 걸리는 연산입니다.
현재 사용하는 펄스의 최소폭은 600us 정도인데
연산 시간이 600us 이상이 된다면 짧은 펄스의 신호를 받지 못하게 되는 것과 같습니다.
//
  TCCR1A=0b10100010; TCCR1B=0b00011001; ICR1H=39999>>8; ICR1L=39999&0xFF;
  TCCR3A=0b10100010; TCCR3B=0b00011001; ICR3H=39999>>8; ICR3L=39999&0xFF;
타이머는 PWM 출력을 하기 위한 설정인가요?
 
타이머1은 측정을 위한 용도 같은데 
(PWM 모드가 아닌) 일반 모드로 설정하고
조종기의 첫 신호에서 clear 시켜주면 될 것 같습니다.