1. 하이퍼 터미널으로 char를 출력하는데요, 디바이스에 코드를 쓸 때 하이퍼 터미널에 무작위 char가 출력됩니다.  
디바이스에 프로그래밍되면 원하는 매뉴얼 코드가 출력되긴 하는데, 쓰기 전까지는 계속 char가 출력돼요..
128의 ISP는 PE0,PE1핀에 연결되서 프로그램을 주입하는데 이 핀들이 UART0 포트와 동일해서 발생하는 현상입니다.
뭐가 잔뜩 뜨는 것이 문제가 된다면 UART1을 사용하세요
//
2. mode=0의 두더지 게임을 실행하면 LED가 켜지지 않습니다. 이게 앞에서 문제가 생기는건지, 아니면 LEDon 함수에서 문제가 있는지 모르겠습니다.
3. 처음에는 Press07 함수를 while(!(swtich & 0x81)); 으로 스위치의 7,0번을 동시에 눌러야 다음으로 넘어갈 수 있도록 만들었었습니다.  
0과 7 중 하나만 입력해도 다음으로 넘어가서 수정했었는데, 기존의 함수를 썼을 때 뭐가 문제였던걸까요?
코드가 복잡하면  무슨 생각으로 코드를 작성 했는지 코드만 보고 알 수가 없고, 분석이 안됩니다. 
코드가 복잡하면 스스로 해결해야 합니다.
//
for(i; 30; i++)
이런 코드가 몇개 보이는 군요
for(i; i<30; i++)
조건식을 제대로 작성하셔야겠죠
for문을 잘 모른다면 c언어 기초서적을 다시 공부하세요(서적을 다 읽지말고 잘 모르는 문법만 공부하면 됩니다.)
//
  while((n&m)==1){            // n과 m이 1이 될때까지 반복한다.(sw의 입력이 있었다면(sw1)n,(sw2)m이 set된다)
이 조건식도 "n과 m이 1이 될때까지"가 아니고 "n과 m이 1인 동안" 이므로 와일문은 실행되지 않겠습니다.

//
  TCCR0=0x02; TCNT0=0x38; TIMSK=0x01; // 1s 마다 인터럽트 발생 // 1초에 한번씩 인터럽터 실행(7seg 출력 함수가 1초마다 반복되게 하기 위함)
0x38은 56인데 위 설정은 100us 인터벌의 설정입니다.
어떻게 1초가 될 수 있다고 생각하는지 모르겠고
  if(Init7seg==1)seg_Hello();  // 메뉴창:7seg_Hello
  else           seg();        // 메뉴창 아닐때에는 7seg함수를 따른다.이
100us주기의 인터럽트 안에서 20ms이상 걸리는 코드를 실행하면 메인함수가 실행되지 못합니다.
인터럽트안에서 딜레이를 실행하면 좋은 방법이 아닙니다.
그 것 때문에 코드에서 cli()와 sei()를 남발하고 있습니다.
보통은 메인초기 설정후에는 건드릴 일이 거의 없습니다.
 
//
#define F_CPU 16000000UL
#include <avr/io.h>
#include <util/delay.h>
#include <avr/interrupt.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>
//
uint8_t FND_TABLE[]={0x3F,0x06,0x5B,0x4F,0x66,0x6D,0x7D,0x07,0x7F,0x6F}; //0 to 9
uint8_t LEDnum;
int data1=0;     // 7seg의 왼쪽 2개의 LED 데이터 & SW1의 점수
int data2=0;     // 7seg의 오른쪽 2개의 LED 데이터 & SW2의 점수
int Init7seg=1;  // 메뉴창에서 1이 되는,7seg의 제어를 위한 변수
int mode=0;      // Init7seg=0일 때 7seg의 게임 선택을 위한 변수
int Selected=0;  // Game 선택 완료되면 1이 되는 변수,Game이 끝나면 0이 된다.
int Score1=0,Score2=0;
uint16_t RandTime;
//--------------------uart0 송신 설정-------------------------
void U0_TX(char ch){
  if(ch=='\n')ch='\r'; // 개행문자 처리
  while(!(UCSR0A&0x20)); UDR0=ch;
}
//
void U0_STR(char *s){ while(*s)U0_TX(*s++); }
//-------------------------------------------
void Random(){ LEDnum=(char)(rand()%8); RandTime=rand()%4000; } // LED가 켜지는 시간범위: 0.5s~4.5s가 되도록한다.
//
void LEDon(){ PORTB=(char)(pow(2,LEDnum)+0.001); } // LEDnum에 해당하는 비트의 LED가 켜짐 // ISR로 인해 버튼의 스위치 입력이 무시될 것 같아 인터럽트 중지
//-------------------------------------------
void Count3(){
  int i;
  for(i=0;i<3;i++){ PORTA=FND_TABLE[3-i]; PORTC=~0x08; _delay_ms(1000); } // 첫째자리에 3,2,1가 차례대로 표시됨. & cli();를 사용하여 인터럽트 루틴이 실행되지 않는다.
}
//-------------------------------------------
void GetScore(){
  int i=0;
  while(i==1){
    if     (PIND==LEDnum){ Score1++; data1=Score1; PORTB=0; i=1; } //LED를 끈다.  //while의 조건문이 충족되어,GetScore 함수가 끝난다.
    else if(PINE==LEDnum){ Score2++; data2=Score2; PORTB=0; i=1; }
  }
  sei(); // 득점하면 7seg에 점수가 업데이트 되며 켜진다. 짧은 순간 꺼지는 것이므로 큰 영향이 없을 것 같다.
}
//-------------------------------------------
void Game1(){ 
  int i,t;
  for(i=0;i<30;i++){// 30회 LED를 On시키면 게임이 끝난다.
    Random();
    for(t=0;500+RandTime;t++){ _delay_ms(1); }  //_delay_ms(RandTime); 이 되지 않아 사용
    LEDon();
    GetScore();
  }
}
//-------------------------------------------
void Game2(){
  int n=0,m=0,time=0,t1=0,t2=0;
  Count3();                   // 7seg에서 3초 카운트다운한다. count3 함수가 끝나면 cli()로 인해 인터럽터가 실행되지 않아 7seg에 아무것도 출력되지 않는다.
  PORTA=0;
  while((n&m)==1){            // n과 m이 1이 될때까지 반복한다.(sw의 입력이 있었다면(sw1)n,(sw2)m이 set된다)
    time++; _delay_ms(1000);  // 1초가 지날때마다 time이 1씩 추가된다.
    // record time
    if(PIND==0x01){ t1=time; data1=t1; n=1; } 
    if(PINE==0x01){ t2=time; data2=t2; m=1; } 
  }
  // 끝나고 data1,data2가 업데이트 되면서 7 seg에 각자가 몇초에 버튼을 눌렀는지 뜨게 된다.
}
//-------------------------------------------
void menu(){
  mode=0; data1=0; data2=0; Init7seg=1; Selected=0; Score1=0; Score2=0; // 모두 초기 설정으로 돌아간다.
}
//
void WhichGame(){
  Init7seg=0;                  // Menu화면에서 넘어감. Hello가 뜨지 않고 7seg함수로 7seg LED가 제어된다.
  while(!(PIND&0x80)){         // 0,7을 동시에 누르기 전까지는 WhichGame함수가 끝나지 않는다.
    if(PIND&0x01){ mode^=1; }  // sw1의 0번 스위치로 mode를 바꾼다.
    data2=mode;                // data2를 업데이트하여 7seg의 우측 2개 LED에 몇 번 mode인지 뜬다.
  }
}
//
void Loading(){ cli(); data1=0; data2=0; Selected=1; Press07(); sei(); } // sw1에서 07을 눌러 7seg를 다시 출력한다.
//
void Press07(){ while(!(PIND&0x80)); } //sw1의 7,0번 비트가 1이 되어야 다음으로 넘어감.
//
void StartGame(){ if(mode==0)Game1(); else Game2(); }
//
//-------------------------------------------
ISR(TIMER0_COMP_vect){ // 1ms
  static char c=0;
  PORTC=0xFF;
  if(Init7seg){  // Hello
    switch(c){
      case 0: PORTA=0b01110110; break; // H
      case 1: PORTA=0b01111001; break; // E
      case 2: PORTA=0b00110110; break; // ll
      case 3: PORTA=0b00111111; break; // O
    }
  }
  else{          //
    switch(c){
      case 0: PORTA=FND_TABLE[data1/10]; break; // 1000의 자리
      case 1: PORTA=FND_TABLE[data1%10]; if(Selected)PORTA|=0x80; break; // 게임 선택 전: 100의 자리 표시됨.// 게임 선택 후 : 100의 자리 와 점이 표시됨.
      case 2: PORTA=FND_TABLE[data2/10]; break; // 10의 자리
      case 3: PORTA=FND_TABLE[data2%10]; break; // 1의 자리
    }
  }
  PORTC=~(1<<c);
  if(++c>3)c=0;
}
//------------------------main------------------
void main(){
  DDRD=0x00;   // SW1(Player1)
  DDRE=0x00;   // SW2(Player2)
  DDRB=0xFF;   // 8 LED
  DDRC=0xFF;   // 7seg LED control connector 
  DDRA=0xFF;   // 7seg LED data connector
  DDRG=0xFF;   // USART
  UCSR0B=0x18; UBRR0L=25; // baudrate=38400
  U0_STR("Manual:\n1. Press0,7 if you want to play games\n "); // 하이퍼 터미널 창으로 설명서 출력
  TCCR0=0x0D; OCR0=124; TIMSK=2; //16000000/128/(1+124),1ms
  sei();
  while(1){
    menu();
    Press07();
    WhichGame();
    Loading();
    Press07();
    StartGame();
    _delay_ms(5000); // 게임이 끝나고 5초 후에 다시 while문이 시작된다.
  }
}