좋은 서적으로 공부하셔야합니다.
  DDRA=0xfe;
  DDRE=0xfe;
PA0, PE0를 입력으로 설정하겠다고 만든 문장인데요

PA1~PA7을 출력으로 설정하고
PE1~PE7을 출력으로 설정하고 있습니다.
출력을 함부로 설정하면 고장납니다.
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기초가 너무 없어서 질문이 계속 반복되고 있고, 설명을 하는 것도 지칩니다.
질문/답변으로 학습 하시려고하면 안됩니다.
//
LED 출력이나 스위치 입력조차 모르면 설명할 수가 없습니다.
 
// MCU BASIC: https://www.basic4mcu.com  
// DateTime : 2018-09-09 오후 9:41:05
// by Ok-Hyun Park
//
#include <iom128.h>
#include <ina90.h>
//
void main(){
  DDRC=3;
  while(1){
    if(PINA&1)PORTC|=1;  // PC0=1
    else      PORTC&=~1; // PC0=0
    //
    if(PINE&1)PORTC|=2;  // PC1=1
    else      PORTC&=~2; // PC1=0
  }
}
 
스위치 누를 때 1이 되는지 0이 되는지에 따라서
if()문 조건식이 달라집니다.
테스터기로 전압부터 체크하세요 (테스터기 없다는 말은 하지마시고요)

2015년 강좌 034 - [스위치] 개별 회로 종류
아무리 쉽고 잘 만든 강좌글이라도 시간이 부족하다고 외면한다면 소용이 없겠군요