if((PIND&0b00000000)==0b00000000){ 
어떤수와 0을 AND하면 결과는 항상 0 입니다.
    if((PIND&1)==0){ 
PD0를 체크하기 위한 코드라면 이렇게 변경해야겠죠
 
 
// MCU BASIC: https://www.basic4mcu.com
// DateTime : 2019-04-14 오전 12:24:41
// by Ok-Hyun Park
//
#define F_CPU  16000000UL // CPU 클록 값=16 Mhz
#define F_SCK  40000UL    // SCK 클록 값=40 Khz
#include <avr/io.h>
#include <util/delay.h>
//
int main(){
  DDRA=0xff;
  DDRB=0xff;
  DDRC=0xff;
  PORTD=0x03;              // For Internal pull-up for SCL&SDA
  TWBR=(F_CPU/F_SCK-16)/2; // 공식 참조,bit trans rate 설정
  TWSR=TWSR&0xfc;          // Prescaler 값=00(1배)
  TWCR=(1<<TWINT)|(1<<TWSTA)|(1<<TWEN); // START 전송
  _delay_ms(500);
  TWCR=(1<<TWINT)|(1<<TWSTO)|(1<<TWEN); // STOP 전송
  while(1){
    if(PIND&1){
      if(TWCR&0x80)PORTC=0xff;
      PORTA=0xff; _delay_ms(1000);
      PORTA=0x00; _delay_ms(1000);
    }
    if((PIND&1)==0){
      if(TWCR&0x80)PORTC=0;
      PORTB=0xff; _delay_ms(1000);
      PORTB=0x00; _delay_ms(1000);
    }
  }
}
 
  TWCR=(1<<TWINT)|(1<<TWSTA)|(1<<TWEN); // START 전송
  _delay_ms(500);
  TWCR=(1<<TWINT)|(1<<TWSTO)|(1<<TWEN); // STOP 전송
START 와 STOP 사이에는 데이터를 출력하지 않나요?