1. atmega128이 정확히 어떤 것인지 자세히 설명해 주시면 좋겠습니다.
 
아두이노는 전문가들이 보드를 설계해주고, 라이브러리를 개발해주고, 예제소스를 작성해주고, 연결도까지 만들어준 것을
그대로 따라하는 수준밖에 안됩니다.
atmega128 같은 mcu들은 보드를 직접 설계하고, 소스코드를 직접 작성하며, 회로 연결까지 스스로하고, 필요한 부품도 스스로 구입해서 연결합니다. 
즉, 전문가가 되기 위한 과정으로 생각하면 됩니다.
아두이노는 오래 사용해봤자 전문가가 되지 못하고 사용자가 한계입니다.
 
 
2. 아두이노 우노를 쓰는 것과 atmega128을 쓰는 것 중 어떤 것을 추천하시나요?
   (atmega128을 배울 것이긴 하나 의견을 한 번 듣고 싶습니다)
 
음악,작곡,건축가 등 비 전문가라면 아두이노를 사용하면 되고
전문가가 되고 싶다면 atmega128을 공부하세요 
 
3. atmega128을 배우기 전에 c언어를 배워야 할 텐데 c배우고 바로 atmega128로 가는 것이 좋을까요?
 
c언어 및 하드웨어 지식을 먼저 공부하다간 atmega128을 공부하기 어렵습니다.
영어 단어 외우고, 숙어, 문법, 독해 다 공부한 후에 회화를 공부한다면 말 한마다 제대로 하고 듣는데 얼마나 많은 시간이 걸릴지 알 수가 없습니다.
그냥 좌충우돌 문제가 생길 때마다 필요한 것을 공부하면 됩니다.
atmega128이 주된 목적이라면 atmega128을 공부하면서 추가적으로 관련된 c언어 및 하드웨어 지식을 공부하세요 
 
4. 별 중요한 질문은 아니지만 atmega128을 책으로 배우려하는데 이에 대해서도 의견 여쭙고 싶네요 
 
서적도 좋은 방법이지만
IAR,ICC 등의 컴파일러를 사용한 서적은 피하고 코드비젼이나 AVRstudio 컴파일러로 설명한 서적이 좋습니다.
어드레싱 방법으로 회로를 구성한 키트와 함께 판매하는 서적도 피하세요
초보자가 볼 수준을 넘습니다.
https://www.basic4mcu.com/bbs/board.php?bo_table=gesiyo6&wr_id=63
이런 강좌글처럼 작성하고
설명을 더 많이 해준다면 아주 훌륭한 서적이 될 것 같습니다.
처음엔 이해가 잘 안가더라도 진도를 나가다 보면 이해가 안되던 앞부분도 나중에 저절로 이해가 갑니다.