signed형으로 선언을 한 후 음수값을 우측 시프트 하면 계속 음수로 만듭니다.
unsigned 형으로 선언 하셔야 합니다.
//
#include <avr/io.h>
//
int a,b;
//
int main(){
  DDRA=0xff; DDRB=0xff;
  while(1){
    a=0x8000;
    for(b=0;b<15;b++){
        PORTA=~(a&0xff);
        PORTB=~(a>>8);
        a>>=0x0001;
    }
  }
}

a에 초기값 0b1000000000000000을 주고 1씩 우측 시프트 시키면
0b1000000000000000
0b0100000000000000
0b0010000000000000
이렇게 시프트 되는 것이 아니라
0b1000000000000000
0b1100000000000000
0b1110000000000000
이렇게 부호 비트가 1로 채워집니다.


//
avrstudio로 간단하게 테스트 코드를 만들어서 디버깅 돌리고
어셈블리어로 봤습니다.


<signed int로 선언 했을 시>
12:               a>>=0x0001;
+00000112:   91800102    LDS       R24,0x0102     Load direct from data space
+00000114:   91900103    LDS       R25,0x0103     Load direct from data space
+00000116:   9595        ASR       R25            Arithmetic shift right
+00000117:   9587        ROR       R24            Rotate right through carry
+00000118:   93900103    STS       0x0103,R25     Store direct to data space
+0000011A:   93800102    STS       0x0102,R24     Store direct to data space

<unsigned int로 선언 했을 시>
12:               a>>=0x0001;
+00000111:   91800102    LDS       R24,0x0102     Load direct from data space
+00000113:   91900103    LDS       R25,0x0103     Load direct from data space
+00000115:   9596        LSR       R25            Logical shift right
+00000116:   9587        ROR       R24            Rotate right through carry
+00000117:   93900103    STS       0x0103,R25     Store direct to data space
+00000119:   93800102    STS       0x0102,R24     Store direct to data space